水溶肥为速效肥料，一般只能作为追肥。特别是在常规的农业生产中，水溶肥是不能替代其他常规肥料的。要做到基肥与追肥相结合、有机肥与无机肥相结合、水溶肥与常规肥相结合，以便降低成本，发挥各种肥料的优势。

水溶肥一般采取浇施、喷施，或者将其混入水中，随同灌溉(滴灌、喷灌)施用。需要提醒的是，采用滴灌施肥时，由于作物根系生长密集、量大，对土壤的养分供应依赖性减小，更多依赖于通过滴灌提供的养分。如果水溶肥配方不平衡，会影响作物生长。另外，水溶肥千万不要随大水漫灌或流水灌溉等传统灌溉方法施用，以避免肥料浪费和施用不均。

水溶肥避免过量灌溉以施肥为主要目的灌溉时，达到根层深度湿润即可。不同的作物根层深度差异很大，可以用铲随时挖开土壤了解根层的具体深度。过量灌溉不仅浪费水，还会使养分淋失到根层以下，作物不能吸收，浪费肥料。特别是水溶肥中的尿素、硝态氮肥(如硝酸钾、硝酸铵钙、硝基磷肥及含有硝态氮的水溶性肥)极易随水流失。